Rezerwat został utworzony na podstawie zarządzenia MLiPD z dnia 28.09.1957 r., w celu zachowania i ochrony naturalnego miejsca lęgowego kormorana czarnego Phalacrocorax carbo i czapli siwej Ardea cirenea. Obszar znajduje się na terenie gminy Sztutowo, w Kątach Rybackich (Nadleśnictwo Elbląg, Leśnictwo Kąty Rybackie). Powodem objęcia ochroną konfliktowego dziś gatunku była jego bardzo niska liczebność i zagrożenie wyginięciem. Wielkość europejskiej i polskiej populacji kormorana zmieniała się na przestrzeni wieków. Ptak ten prawie zawsze był traktowany jako szkodnik rybacki. W rezultacie w wielu krajach wytępiono go doszczętnie, a liczebność w całej Europie spadła do tego stopnia, że w latach 40-tych XX wieku stał się gatunkiem rzadkim. Od tego momentu podjęto działania ochronne i kormoran zwiększał swoją liczebność i zasięg.
Gniazdowanie kormoranów na Mierzei Wiślanej odnotowano już w drugiej połowie XIX w. Duża kolonia mieściła się w okolicach Przebrna, a po jej zniszczeniu ptaki przeniosły się w sąsiedztwo Kątów Rybackich. Pod koniec XIX w. i ta kolonia przestała istnieć, najprawdopodobniej ze względu na prześladowania ze strony ludzi. Ptaki powróciły na Mierzeję pod koniec lat 40-tych XX w. Na początku gnieździły się tu tylko czaple, później dołączyły kormorany. W 1957 r. utworzono tu rezerwat ornitologiczny o pow. 10,79 ha.
W 1959 r. kolonia liczyła 117 par kormoranów. Obecnie jest to największa kolonia tego gatunku w Polsce i jedna z większych w Europie.
W związku z tym, że w ostatnich latach kolonia przesunęła się w kierunku zachodnim, wychodząc poza granice rezerwatu, w czerwcu 2000 r. powiększono powierzchnię rezerwatu do 102,54 ha, dodając do niego otulinę o pow. 62,86 ha.
W 2009 r. gniazdowało tu 8 900 par kormorana. Obecnie liczebność ptaków z roku na rok spada, w roku 2015 było tu ok. 6 500 par lęgowych.
Rezerwat stanowi niewątpliwie jedną z największych atrakcji przyrodniczych w naszym kraju.