We florze Mierzei Wiślanej, dzięki dużemu zróżnicowaniu siedlisk, stwierdzono dotychczas występowanie 884 taksonów roślin naczyniowych (ok. 30% flory krajowej i ponad 53% flory Pomorza Gdańskiego), ponad 100 gat. mszaków i ponad 200 gat. porostów; algoflora nie jest jeszcze dostatecznie poznana. Aż 125 reprezentantów flory naczyniowej Parku i jego otuliny to tzw. gatunki specjalnej troski, w tym 100 taksonów z Czerwonej Listy roślin naczyniowych Pomorza Gdańskiego (m. in. 1 krytycznie zagrożony i 4 wymierające) oraz 51 gatunków chronionych [w granicach Parku: 41 gat. chronionych, w tym 6 pod ochroną ścisłą i 35 pod ochroną częściową]. Spośród gatunków chronionych wyróżniają się taksony związane z wybrzeżem morskim: mikołajek nadmorski (Eryngium maritimum), rokitnik zwyczajny (Hippophaë rhamnoides), turzyca piaskowa (Carex arenaria), lnica wonna (Linaria odora), gatunki torfowiskowe, np.: rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia) i bagno zwyczajne (Ledum palustre), warto wymienić też arcydzięgiel nadbrzeżny (Angelica archangelica subsp. litoralis), wiciokrzew pomorski (Lonicera periclymenum), a także kilka gatunków storczyków i widłaki. Flora Mierzei w ostatnich latach uległa znacznemu wzbogaceniu, zwłaszcza wzdłuż ciągów komunikacyjnych, co prawdopodobnie związane jest z zawlekaniem obcych gatunków przez ruch turystyczny.
Spośród ponad 100 stwierdzonych tu gatunków mszaków około 1/3 to również gatunki chronione (33 gat., w tym 10 gat. torfowców).
Ciekawostką jest też występowanie podgrzybka pasożytniczego (Xerocomus parasiticus) na jednym udokumentowanym stanowisku i kilku odkrytych niedawno.
Tutejsza flora ma wyraźnie nieleśny charakter, mimo że w krajobrazie Parku dominują lasy, stanowiąc 80,7% jego powierzchni.
Najważniejszym gatunkiem lasotwórczym jest sosna zwyczajna Pinus sylvestris (ponad 90% drzewostanów), jako znaczące domieszki spotyka się świerk zwyczajny (Picea abies), brzozę brodawkowatą (Betula pendula) i omszoną (B. pubescens), dąb szypułkowy (Quercus robur) i buk zwyczajny (Fagus sylvatica). Lasy pełnią tu funkcję glebochronną i klimatyczną, są też ostoją wielu gatunków (m.in. storczyków i widłaków).
Podstawowe leśne zbiorowiska klimaksowe Parku to: nadmorski bór bażynowy (Empetro nigri-Pinetum), kwaśna dąbrowa typu pomorskiego (Betulo-Quercetum) oraz olsy i kwaśne buczyny (Luzulo-Fagetum). Jednak większość drzewostanów to ich zbiorowiska zastępcze powstałe wskutek działania człowieka.
Zonacja i bogactwo siedlisk warunkuje różnorodność fitosocjologiczną Mierzei Wiślanej. Spośród układów zasługujących na ochronę warto wspomnieć o tzw. „siedliskach naturowych” – w Parku i jego otulinie spotykamy m.in. następujące chronione siedliska przyrodnicze (gwiazdka oznacza tzw. siedlisko priorytetowe w programie Natura 2000):
1130 — Estuaria
1150* — Laguny przybrzeżne
1210 — Kidzina na brzegu morskim
2110 — Inicjalne stadia nadmorskich wydm białych
2120 — Nadmorskie wydmy białe (Elymo-Ammophiletum)
2130* — Nadmorskie wydmy szare
2160 — Nadmorskie wydmy z zaroślami rokitnika
2170 — Nadmorskie wydmy z zaroślami wierzby piaskowej
2180 — Lasy mieszane i bory na wydmach nadmorskich [podtypy: 2180-1 Pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy Betulo-Quercetum; 2180-4 Nadmorski bór bażynowy Empetro nigri-Pinetum]
2190 — Wilgotne zagłębienia międzywydmowe
3150 — Starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion
6430 — Ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae) i ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium) [podtyp 6430-3 Niżowe nadrzeczne zbiorowiska okrajkowe]
6510 — Niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris) [podtyp: 6510-1 Łąka rajgrasowa]
7140 — Torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea)
9110 — Kwaśne buczyny (Luzulo-Fagetum)
9160 — Grąd subatlantycki (Stellario-Carpinetum)
91D0* — Bory i lasy bagienne (Vaccinio uliginosi-Betuletum pubescentis, Vaccinio uliginosi-Pinetum, Pino mugo-Sphagnetum, Sphagno girgensohnii-Piceetum) i brzozowo-sosnowe bagienne lasy borealne [podtyp: 91D0-1 Brzezina bagienna]
(ostatnia aktualizacja: 2017-01-11, SN)
