Najwcześniejsze ślady osadnictwa na Mierzei Wiślanej datowane są na około 2 500 do 1 700 lat p.n.e. i pochodzą z młodszej epoki kamienia – neolitu. Są to artefakty pozostawione przez ludność kultury ceramiki wstęgowej, amfor kulistych (Kąty Rybackie) oraz kultury rzucewskiej (Krynica Morska). Było to głównie osadnictwo okresowe, powiązane z rybołówstwem, polowaniem na foki oraz poławianiem i obróbką bursztynu, stałą osadę zidentyfikowano dotychczas tylko w dzisiejszym Sztutowie. Wyjątkowe warunki lokalizacyjne wykształciły tu charakterystyczną formę, częściowo do dziś czytelnych, układów przestrzennych tzw. „osad wyspowych”. Wsie te lokalizowane były na cyplach zwróconych w kierunku Zalewu Wiślanego. W odróżnieniu od tradycyjnych układów ruralistycznych nie były powiązane z siecią szlaków lądowych, ponieważ to nie one stanowiły drogę transportu mieszkańców. Składały się na ogół z kilku chat rybackich, połączonych nieregularnym układem ścieżek. Cała komunikacja między chatami orientowana była na Zalew, będący podstawą ich funkcjonowania.
Na obszarze Parku nie zidentyfikowano stanowisk potwierdzających penetrację osadniczą obszaru w epoce brązu. Najważniejsze starożytne znalezisko – moneta Aureliana (Kąty Rybackie), datowane jest na okres rzymski (270–275 r. n.e.). Najprawdopodobniej związane jest ono z funkcjonującym wówczas szlakiem bursztynowym i rozwiniętym na ogromną skalę handlem bursztynem, o czym świadczą liczne pracownie bursztynnicze odkryte w gminie Stegna na obszarze otuliny Parku.
Pierwszy obraz krajobrazu Mierzei Wiślanej zawdzięczamy kronikarzom zakonu krzyżackiego, którzy zaczęli docierać nad Bałtyk na przełomie XIII/XIV w. Wtedy też, na ziemiach tych (wcześniej zajętych przez plemiona Prusów i Pomorzan), zaczęło się kształtować nowoczesne osadnictwo. Początkowo było ono trudne z uwagi na nietrwały, sezonowy charakter lądu wynurzającego się w postaci piaszczystych wysp. Z czasem, dzięki pierwszym zabiegom melioracyjnym zaczęły powstawać trwałe osady. Bardzo ważną rolę na Mierzei odgrywały karczmy, które z czasem stały się stacjami pocztowymi na szlaku wiodącym z Gdańska do Królewca. Zapewne już w XIV w. wykształcił się pomiędzy nimi trakt wiodący przez Mierzeję z Gdańska do Królewca.
W czasach zakonnych, na obszarze Mierzei należącym do okręgu gdańskiego, nie było żadnego znaczącego ośrodka administracyjnego. Z zachowanych dokumentów wynika, że kamlaria dworu w Sztutowie bardzo długo pełniła funkcje administracyjne dla zachodniej części mierzei.
Panowanie Zakonu Krzyżackiego zakończyło się na Mierzei w 1466 r. Cała mierzeja, z wyjątkiem wschodniego cypla przeszła w posiadanie miasta Gdańska, co wywołało długotrwałe spory z miastem Elblągiem, który rościł pretensje do części mierzei pozostającej wcześniej administracyjnie w komturii malborskiej. Północno-wschodni cypel mierzei został włączony do księstwa pruskiego. Od 1793–1807 r. cała Mierzeja pozostawała pod władztwem królestwa Prus, a od 1807–1814, w starych granicach należała do ówczesnego Wolnego Miasta Gdańska. Około 1814 r. Mierzeja przechodzi ponownie w posiadanie Prus. Po pierwszej wojnie światowej zachodnia część mierzei zostaje włączona do terytorium Wolnego Miasta Gdańska. Granica tego terytorium zostaje wyznaczona na zachód od wsi Przebrno (Pröbbernau). Pozostała część mierzei, w tym Krynica Morska należy do Prowincji Prusy Wschodnie, a sama Krynica od 1921 r. należy do miasta Elbląga.
Tradycyjnym zajęciem ludności zamieszkującej od wieków Mierzeję było rybołówstwo i zbiór bursztynu, przez co mieszkańcy tej krainy nieodłącznie byli związani z morzem i plażami. Spędzali tam większość życia, co wpłynęło na sposób myślenia i wykształciło swoiste wzorce zachowania. W dziedzinie budownictwa zaowocowało to wznoszeniem typowych tylko dla tego obszaru obiektów drewnianych, takich jak: budy jesiotrowe, rybaczówki, pawilony strażników plażowych, przystanie rybackie, hangary dla przechowywania łodzi, warsztaty szkutnicze, wędzarnie, itp.
Od XIX wieku na Mierzei rodzi się turystyka. Wymogi znanego, a nawet luksusowego kurortu, jakim Krynica Morska stała się po roku 1870, wymusiły konieczność adaptacji innych wzorców architektonicznych, niż tradycyjnie – żuławskie. Na piaskach Mierzei najpierw w Krynicy, potem również w Stegnie, Sztutowie, Kątach Rybackich, Jantarze, Mikoszewie, czy Junoszynie pojawiły się obiekty architektoniczne typowe dla pejzażu miast lub zespołów rezydencjonalnych, wznoszone w typie greckich świątyń, a następnie alpejskich willi, pensjonatów i hoteli z dachami dwuspadowymi z wieżyczkami widokowymi, itp. Z czasem pojawiły się charakterystyczne ozdoby, spotykane wcześniej tylko na chatach rybackich, ale w o wiele skromniejszej formie. Dla potrzeb gości przystosowywano tradycyjne chaty rybackie lub modernizowano je, wyposażając w nowe pomieszczenia (na poddaszu), a przede wszystkim dodając do bryły budynków rozległe drewniane werandy (miejsce dziennego pobytu letników). Werandy, często przesłaniające całą elewację wzdłużną budynku, innym razem nawet piętrowe, stały się rozpoznawalnym znakiem budownictwa ludowego na Mierzei Wiślanej. Umieszczano na nich najwięcej ozdób wycinanych w deskach, które stały się specjalnością regionu. Budownictwo tego typu, także murowane, zachowało się do dziś powszechnie w układach osadniczych Mierzei Wiślanej.
Mimo wielu wieków istnienia na Mierzei traktu prowadzącego aż do Królewca, ścisłe powiązanie komunikacyjne pomiędzy miejscowościami Mierzei nastą[piło dopiero w końcu XIX w., gdy powstała linia kolejki wąskotorowej, której fragment funkcjonuje do dziś.
Budownictwo ludowe na Mierzei pozostawało zawsze pod wpływem wzorów żuławskich. Właściwie trudno nawet wyznaczyć ścisłą granicę między Żuławami a Mierzeją. Wzór typowego, wolnostojącego domu gburskiego, drewnianego lub ryglowego, został przeniesiony na piaski nadmorskie z Wielkich Żuław Malborskich i służył głównie mieszkańcom zajmującym się rolnictwem lub łączącym uprawę roli z rybołówstwem. Miał on konstrukcję wieńcową, szczyty zwrócone na wschód i zachód (czyli w kierunku najczęstszych wiatrów), dach dwuspadowy, we wnętrzu komin butelkowy w przelotowej sieni wydzielającej tzw. wielką izbę i część kuchenno-gospodarczą.
Na Mierzei Wiślanej, podobnie jak na Żuławach spotykane są zmodyfikowane zagrody holenderskie o zredukowanej części gospodarczej, z dobudówką na sieci i inny sprzęt rybacki. Zagrody nazywane „rybackimi”, budowano z drewna, kryjąc je strzechą.
Budownictwo ludowe zdominowało krajobraz kulturowy Mierzei. Niewiele jest natomiast zabytkowych obiektów architektonicznych o charakterze reprezentacyjnym i publicznym, takich jak kościoły, dwory, wilie, siedziby urzędów administracyjnych, banki, itp. (wyjątkiem jest Krynica Morska). W dziedzinie budownictwa sakralnego na uwagę zasługuje przede wszystkim kościół w Stegnie, skromny kościółek w Sztutowie, czy kościół w Kątach Rybackich, którego wyposażenie nawiązuje do tradycji rybackich mieszkańców Mierzei.